Деятельность Международного казахско-турецкого университета осуществляется в соответствии с Уставом университета и в рамках ратифицированного соглашения между Правительством Республики Казахстан и Правительством Турецкой Республики об условиях деятельности университета. Органами корпоративного управления университетом являются: